分子对接

开源分子对接程序rDock的安装及使用流程

欢迎浏览我的CSND博客！ Blockbuater_drug …点击进入前言本文介绍开源分子对接程序rDock在Linux Ubuntu 22.04系统上的conda安装、编译安装过程及程序使用流程。一、rDock是什么？ rDock来源 rDock是一个快速、多功能的开源对接程序，可用…

UCSF DOCK 分子对接详细案例（01）- rigid, fixed anchor, flexible dock

欢迎浏览我的CSND博客！ Blockbuater_drug …点击进入文章目录前言一、操作环境二、研究背景三、受体-配体结构文件准备3.1准备文件夹DOCK_workdir, 下载晶体结构3.1.1 来自湿实验的受体配体共晶结构：3.1.2 来自深度学习和语言模型推理预测的蛋白结构&a…

速度vs精度：在AutoDock Vina中，不同对接盒子Box Size 、 Exhaustiveness对配体姿势精度的影响

速度vs精度：在AutoDock Vina中，不同对接盒子Box Size 、 Exhaustiveness对配体姿势精度的影响介绍： 在Autodock Vina的中，用户需要提供两个关键的相关参数: 1)盒子大小（Box Size），即对接搜索…

GROMACS Tutorial 5: Protein-Ligand Complex 中文实战教程

GROMACS Tutorial 5: Protein-Ligand Complex 中文实战教程前言系统环境特别强调一、预处理阶段1.1 蛋白质配体分离以及除水操作1.2 选择力场识别JZ4配体1.2.1 使用在线力场解析1.2.2 使用官方推荐力场CHARMM36解析 1.3 蛋白的top文件准备1.4 配体的top文件准备1.5 使用CgenFF…

分子对接中的相互作用特征分析(目视筛查)

文章目录引言1. 氢键相互作用2. 形状(性质)互补2.1 形状互补2.2 性质互补2.2.1 电性互补2.2.2 疏水性互补3. 应变能总结引言药物配体和靶标和配体之间是一个动态的诱导契合过程, 其结合的稳定以及亲和力是药物产生效应的必备条件，因此了解影响配体和靶标之间相互作…

GROMACS Tutorial 1: Lysozyme in Water 中文实战教程

GROMACS Tutorial 1: Lysozyme in Water 中文实战教程前言系统环境特别强调一、预处理阶段1.1 补全原子或残基1.2 删除水分子1.3 生成top文件等位置限制文件二、定义盒子及添加溶剂2.1 定义盒子2.2 加入溶剂三、添加离子3.1 使用mdp参数文件生成tpr文件3.2 离子的加入3.3 添…

【化学信息学】计算机辅助药物设计的发展

计算机辅助药物设计的发展1. 药物研究模式的转变2. 药物设计思想起源3. 计算机辅助药物设计简介4. 计算机辅助药物设计的发展过程5. 总结参考资料1. 药物研究模式的转变回顾药物研究的历史，20世纪60年代，药物发现的最主要途径是药物筛选。研究人员通过…

UCSF DOCK 分子对接详细案例（03）-分子从头设计de novo Design

欢迎浏览我的CSND博客！ Blockbuater_drug …点击进入文章目录前言一、软件及操作环境二、研究目的三、结构文件准备四、 DOCK中 de novo design4.1 generic de novo design4.2 Rescoring the Outputs对输出重新评分五、 De Novo Refinement准备配体运行Refineme…

开源分子对接程序rDock使用方法(2)-高通量虚拟筛选HTVS

欢迎浏览我的CSND博客！ Blockbuater_drug …点击进入文章目录前言一、rDock用于高通量虚拟筛选HTVSMulti-Step Protocol HTVS步骤及注意事项二、rDock中Multi-Step Protocol用于HTVS的用法Step 1. Exhaustive dockingStep 2. sdreport summaryStep 3. 运行rbhtfi…